סוגיית הפטורים מארנונה למוסדות הפועלים ללא כוונת רווח נוגעת בנימיה העדינים של הבעייתיות הכרוכה במבנה השלטון המקומי בישראל ויחסיה עם השלטון המרכזי. המלצות ועדת סוארי מ-1993 על הגברת האוטונומיה של השלטון המקומי בדרך של מתן יתר חופש בקביעת רמת ההכנסה, רמת ההוצאה והרכב התקציב- מעולם לא יושמו בפועל.
במציאות הקיימת, הסמכות לקבוע מיהם המוסדות הזכאים לפטור מארנונה איננה מצויה בידי הרשות המקומית. בפקודה מנדטורית משנת 1938 נקבעו קבוצות של מוסדות הזכאים לפטור, חלקם פטורים אבסולוטיים חלקם נתונים לשיקול דעתו של שר הפנים. על שר הפנים להפעיל את שיקול דעתו על-פי קריטריונים שאמורים להיות ברורים, ענייניים, גלויים ושווים.
בפועל, הקריטריונים שנקבעו על ידי שר הפנים והשיקולים ליישומם לא תמיד ברורים די הצורך; פעמים לא ענייניים ולא גלויים מלוא קומתם; ולעיתים קרובות נגועים בחוסר שוויוניות ואפליה. המסע לקבלת הפטור או למניעת ביטולו עלול להיות מפרך גם עם ליווי של מי שצעד במסלול זה רבות לפנים, וללא מוצא באופן בלתי הפיך למבקש לצעוד בו בכוחות עצמו.
